Zazwyczaj praca magisterska jest przynajmniej drugą praca dyplomową tej samej osoby, a bardzo wiele osób ma już ich za sobą nieco więcej. Zwłaszcza jeżeli prace te są do siebie podobne pod względem tematycznym, dość łatwo jest, nawet nieświadomie, popełnić autoplagiat. Niestety trzeba się jednak liczyć z tym, ze taka praca zostanie odrzucona przez komisję sprawdzającą, jeżeli zostanie to wykryte.
Autoplagiat, jak sama nazwa pozwala się domyślać jest to cytowanie samego siebie, a ściślej mówić wcześniej już napisanych przez tą samą osobę utworów lub prac. Dlatego wiele osób twierdzi, że najlepiej jest, jeżeli pisana przez nich praca magisterska jest całkowicie odmienna tematycznie od innych pisanych przez nią prac. Wtedy raczej nie ma możliwości popełnienia, nawet nieświadomie takiej pomyłki.
Obecnie zdania co do tego, czyli autoplagiat jest przestępstwem są podzielone, ze względu na dość trudną jego definicję. Jednak na pewno, gdy chodzi o takie utwory jak właśnie praca magisterska, powoduje on, że osoba która się go dopuściła nie może oddać napisanej pracy, tym samym nie ma możliwości jej obrony. Dlatego należy bardzo uważać podczas pisania prac, aby nie dopuścić do powstania takiej sytuacji.